Á Akureyri stundar Matís rannsóknir, þróun og nýsköpun í samstarfi við Háskólann á Akureyri og aðrar stofnanir og fyrirtæki á Norðurlandi jafnt sem annars staðar á landinu.
Starfsemi Matís er til húsa í Rannsóknahúsinu að Borgum og hefur þar verið byggð upp aðstaða rannsókna á sviði sameindafræði en einnig fara þar fram rannsóknir m.a. á sviði örverufræði, efnarannsókna, ensímrannsókna, ónæmisvefjafræði og myndgreiningar matvæla.
Við uppbyggingu Matís á Akureyri hefur áhersla verið lögð á aðkomu nemenda í rannsóknatengdu meistaranámi í víðtæku samstarfi við innlenda jafnt og erlenda háskóla, rannsóknastofnanir og fyrirtæki. Að flestum verkefnum sem unnin eru hjá Matís á Akureyri koma ennfremur nemendur í rannsóknatengdu framhaldsnámi til BSc prófs í líftækni eða sjávarútvegsfræðum.
Á starfsstöð Matís á Akureyri starfa 2 sérfræðingar auk rannsóknamanns og nemenda í rannsóknatengdu framhaldsnámi við verkefni sem unnin eru á vegum Matís.
Stöðvarstjóri Matís á Akureyri er Rannveig Björnsdóttir, fagstjóri hjá Matís og dósent við Háskólann á Akureyri.