Matís er opinbert fyrirtæki og rekur opinbera rannsóknarstofu, m.a. í varnarefnamælingum, sem þjónustar meðal annars eftirlitsaðila, þ.e. Matvælastofnun og Heilbrigðiseftirlit sveitafélaganna, sem taka sýni hjá matvælafyrirtækjum fyrir opinbert eftirlit.
Matís er með takmarkað framlag frá ríkinu ásamt því að vera á samkeppnismarkaði, því er Matís óheimilt að greiða niður mæliþjónustu með opinberu fé. Félag atvinnurekenda (FA) birtir bréf á heimasíðu sinni þann 28. apríl síðastliðinn þar sem FA mótmælir gjaldskráhækkunum fyrir eftirlitsheimsóknir Matvælastofnunar og heilbrigðiseftirlita til matvælafyrirtækja. Í svari sínu til FA bendir Matvælastofnun á að gjaldskrá Matís hafi hækkað ásamt því að afslættir til opinberra aðila hafi verið felldir niður. Réttara er að segja að afsláttarkjör hafa verið samræmd milli allra viðskiptavina Matís og opinberir aðilar fá sömu kjör og fyrirtæki og einstaklingar á almennum markaði.
FA tekur mælingar varnarefna sem dæmi um verðhækkun og bendir á að einingarverð fyrir greiningar varnarefna hafi hækkað úr 81.760 krónum árið 2016 í 105.578 krónur fyrr á þessu ári eða um 29,1% á þessum fjórum árum. Verðskrá Matís hefur hækkað árlega í takt við hækkanir á aðföngum og launavísitölum. Síðasta verðskrárhækkun og samræming á kjörum var kynnt Matvælastofnun og öðrum opinberum eftirlitsaðilum í janúar 2020, en Matís hefur ávallt reynt að halda verðskráhækkunum í lágmarki til að gæta að þess að ekki sé verið að auka álögur á íslensk fyrirtæki. Það má hins vegar benda á að þessi hækkun sem FA tekur sem dæmi, er lægri en því sem nemur hækkun launavísitölu opinberra aðila á þessum fjórum árum. Allt frá árinu 2014 hefur Matís unnið ötullega að því að bæta við fjölda varnarefna sem skimað er fyrir til þess að gera Matvælastofnun og Heilbrigðiseftirlitum sveitafélaganna kleift að uppfylla skyldur sínar og framfylgja löggjöf um matvælaöryggi og neytendavernd. Fjöldi varnarefna sem skimað er fyrir í hverju sýni er í dag töluvert meiri en árið 2016. Matís skimar fyrir 201 varnarefni í ávöxtum, grænmeti og korni, þar af 192 efni faggild, m.v. 135 varnarefni árið 2016, þar af 96 faggild.
Varðandi breytinga á afsláttum til opinberra aðila, þá bendir Matís á að þetta séu aðgerðir sem Matís hefur verið að vinna að síðan 2016, þ.e. að jafna afsláttakjör til allra sinna viðskiptavina. Í dag eru allir afslættir til viðskiptavina veltutengdir.