Tengiliður
René Groben
Verkefnastjóri
rene.groben@matis.is
Þróun aðferðar til að meta sýkingarálag í fiskeldi / Method development to estimate infection load in aquaculture
Markmið forverkefnisins var að búa til DNA þreifara sem binst við erfðaefni fisksjúkdómsvaldandi bakteríanna Flavobacterium psychrophilum og Aeromonas salmonicida,undirtegund achromogenes, sem hægt væri að skima eftir með notkun flúrljómunartækni í smásjá (FISH) og í örverugreini (flow cytometry). Einn sértækur DNA þreifari fyrir bakteríunni F. psychrophilum var búin til með samsetning tveggja og notaður með mjög góðum árangri til að skima fyrir bakteríunni með örverugreini og FISH tækni. Ekki var hægt að búa til sértæka DNA þreifara fyrir A. Salmonicida,undirtegund achromogenes, þar sem auðkennisgen (16S rDNA) hennar er of líkt öðrum Aeromans tegundum sem eru ekki sýkjandi. Nauðsynlegt verður að þróa nýja þreifara sem eru einstakir fyrir A. Salmonicida, undirtegund achromogenes. Örverugreinirinn (flow cytometry) er mjög hraðvirkt tæki til að greina bindingu sértækra DNA þreifara við örverur sem gerir tækið mjög hentugt til að greina sjúkdómsvaldandi bakteríur í vatni. Magngreining baktería með slíkri tækni er þó háð ýmsum annmörkum en hún gefur samt mjög góða vísbendingu um ástand vatnsins í eldinu svo hægt sé að meta sýkingarálagið. Niðurstöður þessa forverkefnis sýna að hægt er að meta sýkingarálag í fiskeldi á hraðvirkan hátt en nauðsynlegt er að þróa áfram og sannreyna aðferðafræðina við raunaðstæður í fiskeldi. Gert var ráð fyrir þessu í upphafi þessa forverkefnis og hafa þátttakendur sótt um framhaldsstyrk til AVS sem byggir á núverandi niðurstöðum og verður aðferðafræðin prófuð við raunaðstæður í bleikjueldi.
The aim of this proof-of-concept study was the development and application of molecular probes for the fish pathogens Flavobacterium psychrophilum and Aeromonas salmonicida subsp. achromogenes, and their detection through Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) and flow cytometry. A combination of two species-specific FISH probes was successfully used in combination with flow cytometry to identify and detected F. psychrophilum strains. It was not possible to find specific FISH probes for A. salmonicida subsp. achromogenes. The bacterium is too similar to other Aeromonas species in its 16S rRNA gene sequence and does not contain suitably unique regions that could have been used to develop a species-specific FISH probe. Flow cytometry offers a fast detection system for FISH probes, although technological limitations make reliable quantification difficult. The system is therefore best suited as a semi-quantitative early warning system for emerging fish pathogens in water samples from aquaculture tanks. The results of this preliminary project show that it is possible to estimate the infection load for certain pathogens in aquaculture rapidly but it is necessary to develop the methodology further and test it under real aquaculture conditions. The participants have applied to AVS for new funding based on these results; to develop our rapid methodology further, expand it to more pathogens and test it under real aquaculture conditions.